用dpdispatcher提交自定义任务到Bohrium

简介

DP-Dispatcher可以声明高性能计算作业、计算环境和计算资源，并自动完成作业生成、提交、轮询和回收的全流程。

项目文档

中文简介

dpdispatcher提供了以下抽象：

1. Task类：定义了一条计算命令，和所依赖文件。
2. Resources类，定义了计算时所需要的计算资源。
3. Machine类，定义了计算所用到的批处理系统，远端机器ip，工作路径等内容。目前支持Slurm, PBS, LSF, DpCloudserver等系统。

准备输入文件

mkdir -p dp_dispatcher/test && cd dp_dispatcher

echo "hello world" > example.txt

for i in {1..4}
do
    mkdir test/dir${i}
    cp example.txt test/dir${i}/
done

在dp_dpdispather文件夹下，分别建立run.py,machine.json,resource.json文件，示例如下：

run.py

• task_work_path：定义工作目录
• forward_files：定义上传的文件，这里会上传dir1-4/下的example.txt
• backward_files：定义下载的文件out.txt

from dpdispatcher import Machine, Resources, Task, Submission

machine = Machine.load_from_json('machine.json')
resources = Resources.load_from_json('resource.json')


task1 = Task(command='cat example.txt', task_work_path='dir1/', forward_files=['example.txt'], backward_files=['out.txt'], outlog='out.txt')
task2 = Task(command='cat example.txt', task_work_path='dir2/', forward_files=['example.txt'], backward_files=['out.txt'], outlog='out.txt')
task3 = Task(command='cat example.txt', task_work_path='dir3/', forward_files=['example.txt'], backward_files=['out.txt'], outlog='out.txt')
task4 = Task(command='cat example.txt', task_work_path='dir4/', forward_files=['example.txt'], backward_files=['out.txt'], outlog='out.txt')

task_list = [task1, task2, task3, task4]

submission = Submission(work_base='test/',
    machine=machine,
    resources=resources,
    task_list=task_list,
    forward_common_files=[],
    backward_common_files=[]
)

submission.run_submission()

machine.json

{
        "batch_type": "Lebesgue",
        "context_type": "LebesgueContext",
        "local_root" : "./",
        "remote_profile":{
          "email": "Bohrium注册邮箱",
          "password": "密码",
          "project_id": 0000,
            "input_data":{
              "job_type": "indicate",
              "log_file": "log",
              "job_name": "dpdispather_test",
              "disk_size": 100,
              "scass_type":"c16_m32_cpu",
              "platform": "ali",
              "image_name":"运行任务所用的镜像名称，可在“镜像中心”页查看",
              "on_demand":0
            }
        }
}

注1："project_id": 后的 0000 需要替换为您自己的项目ID，可在“项目管理”页查看。

注2：在某些支持ticket的场景下，按照下面的方式增加环境变量

import os
os.environ["BOHR_TICKET"] = ""
os.environ.get("BOHR_TICKET", None)

resource.json

{
    "number_node": 1,
    "cpu_per_node": 32,
    "gpu_per_node": 0,
    "queue_name": "LBG_CPU",
    "group_size": 4
}

提交任务

python3 run.py

结果查看

可以在Bohrium的任务栏中找到相应任务。

下载结果

bohr job download -j <Job ID\> 或直接点击网页任务栏的下载选项