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运行第一个任务

本教程以 DeePMD-kit 软件为例，介绍如何从零开始在 Bohrium 平台上运行计算任务。您也可以查看对应的视频教程：

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1. 注册​

点击此处进入 Bohrium 首页，在页面右上角点击“登录/注册”按钮可使用手机号注册 Bohrium 账号，如果您已拥有深势科技其他产品线的账号，可以跳过此步骤，直接登录。

登录/注册

2. 充值并创建项目​

Bohrium 支持小额在线充值，您可以点击“右上角头像-费用账单”进行自助充值。

充值入口

完成充值后，点击导航栏-“项目”（图中红框 1），在页面右上方选择“新建项目”（图中红框 2），为项目起一个方便您辨识的名称并点击“确认”即可。如果项目有其他协作者，可以点击“项目成员管理”（图中红框 3），添加项目成员。

添加成员

项目的创建者可以为项目分配预算、添加或删除成员、查看各成员的消费账单等，项目成员在提交任务时可以直接花费项目创建者的余额，成员间也可以共享镜像等计算环境。更多项目协作的介绍，可查看项目协作。

如果您的经费来自导师、公司等他人账户，则可以让经费的提供者创建项目，并将您添加为项目成员。

3. 开启管理节点（可选）​

完成新建项目后，即可开启管理节点。管理节点用于数据准备、编译调试、结果处理等场景，Bohrium 在管理节点中提供了可视化的文件管理能力，可在线预览结构文件、轨迹、脚本和图片等。本案例中使用 Bohrium 管理节点来进行 DeePMD-kit 输入文件的准备和任务提交，您也可以选择在本地或其他机器上进行相关操作。

  1. 在 Bohrium 节点管理页右上角选择“创建容器节点”，本案例中镜像选择 ubuntu:20.04-py3.10，所属项目选择节点对应项目，机器类型、系统盘以及自动关机选项无需修改，保持默认值即可；

  2. 创建后通常需要 1 分钟左右的时间来启动管理节点，等节点状态从“启动中”变为“运行中”时，即可登录；

  3. Bohrium 提供了网页版 SSH 工具 Web Shell，也支持您通过本地终端登录管理节点。本案例使用 Web Shell 进行演示，点击图中红框 2 按钮后选择 Web Shell 即可：

FirstRunwebshell

若您选择在自己本地机器上进行任务提交，则可以跳过此步骤继续后面的操作。

4. 运行 DeePMD-kit 任务​

本案例使用 DeePMD-kit 训练水的深度势能模型来进行演示，任务运行约需 10 min。

1. 准备输入文件​

打开 Web Shell，使用 cd /personal 命令进入个人数据盘，您可以通过拖拽上传等方式传输数据至数据盘中。本案例中使用 wget 来下载 DeePMD-kit 输入文件，输入文件均已存储至 Bohrium_DeePMD-kit_example 文件夹内，您可以依次执行以下两句命令来进行下载和解压：

wget https://bohrium-example.oss-cn-zhangjiakou.aliyuncs.com/Bohrium_DeePMD-kit_example.zip
unzip Bohrium_DeePMD-kit_example.zip

刷新并展开左侧目录树，展示如下图，说明数据已准备成功： 输入图片说明

2. 配置 Bohrium CLI​

Bohrium CLI 是深势科技开发的一款用于资源管理、任务管理和监控等功能的命令行交互工具，我们需要使用 bohr 来进行任务提交。如果您用 Bohrium 管理节点来提交任务，本次案例所选的 ubuntu:20.04-py3.10 镜像中已预先安装了 bohr。如果您使用本地机器来提交任务，则可以通过以下命令自行安装：

linux版本​

使用 curl 下载：

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://dp-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/bohrctl/1.0.0/install_bohr_linux_curl.sh)"

macOS版本​

使用 curl 下载：

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://dp-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/bohrctl/1.0.0/install_bohr_mac_curl.sh)"

Windows版本​

使用 curl 下载：

curl -o install_bohr_windows_wget.bat https://dp-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/bohrctl/1.0.0/install_bohr_windows_curl.bat && install_bohr_windows_wget.bat

由于设置环境变量，需要重新打开命令提示符才会生效

Bohrium CLI首次使用时需要绑定AccessKey，请确保绑定的AccessKey是正确的。

请访问Bohrium-AccessKey生成AccessKey（AccessKey再次创建时会导致原来的失效） ACCESS_KEY值

获取到ACCESS_KEY值后，将ACCESS_KEY配置都环境变量

注：ACCESS_KEY 后的 XXXX 请替换成您自己的AccessKey

ZSH

如果您使用的是ZSH，使用以下命令将ACCESS_KEY写入~/.zshrc

echo 'export ACCESS_KEY=XXXX' >> ~/.zshrc
source ~/.zshrc

BASH

如果您使用的是BASH，使用以下命令将ACCESS_KEY写入~/.bashrc

echo 'export ACCESS_KEY=XXXX' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

Windows

打开命令提示符 (CMD) 并运行以下命令：（请注意，setx 命令需要重新打开命令提示符才会生效）

setx ACCESS_KEY XXXX

或者通过手动添加环境。

3. 准备配置文件​

输入文件中已经预置了配置文件 job.json ，我们只需修改其中的部分参数即可，执行以下命令进入输入文件夹：

cd Bohrium_DeePMD-kit_example

在 文件管理 页面，您可以双击左侧文件树中的 job.json 文件，在线编辑和保存，也可以在命令行窗口中进行编辑：

vi job.json

输入 i 进入编辑模式，完成修改后，按 esc 退出编辑模式后输入 : 进入末行命令符模式，然后输入 wq 保存并退出，配置文件内容如下：

注意：所有 "project_id": 后的 0000 均需替换为您自己的项目 ID ，可在“项目管理”页查看。另外，json 文件的格式要求 {} 内最后一个字段后不要添加逗号，否则会有语法错误。

{
  "job_name": "DeePMD-kit test",
  "command": " cd se_e2_a && dp train input.json > tmp_log 2>&1 && dp freeze -o graph.pb",
  "log_file": "se_e2_a/tmp_log",
  "backward_files": ["se_e2_a/lcurve.out", "se_e2_a/graph.pb"],
  "project_id": 0000,
  "machine_type": "c4_m15_1 * NVIDIA T4",
  "image_address": "registry.dp.tech/dptech/deepmd-kit:2.1.5-cuda11.6"
}

job.json 的字段说明：

字段名称字段含义取值示例
job_name您的计算任务的名称，可自由命名DeePMD-kit test
command计算节点上将要执行的命令。进入本案例脚本所在文件夹，执行 dp train 命令，并将屏幕输出打印至 tmp_log 文件，执行 dp freeze 命令，并将结果保存至 graph.pb 文件cd se_e2_a && dp train input.json > tmp_log 2>&1 && dp freeze -o graph.pb
log_file计算过程中随时可以查看的日志文件，计算过程中可在 Bohrium “任务管理”页进行查看se_e2_a/tmp_log
backward_files计算结束之后需要下载的结果文件，字段为空则会保留计算节点工作目录下的所有文件se_e2_a/lcurve.out,se_e2_a/graph.pb
project_id任务所属的项目 ID，可以在 Bohrium “项目管理”页查看0000
machine_type本次任务所用的机型，可以在 Bohrium 右上角“定价页-提交任务 Tab 下”选择。本案例使用 4 核 15G 内存的 NVIDIA T4 GPU 机器来加速 DeePMD-kit 的训练过程，如需更快的速度您可以选择 A100 或 V100 机型c4_m15_1 * NVIDIA T4
image_address计算节点所用的镜像地址，可以在 Bohrium “镜像中心”页查看。本案例所用软件为 DeePMD-kit 2.1.5 版本registry.dp.tech/dptech/deepmd-kit:2.1.5-cuda11.6

至此，我们完成了案例所需的所有文件的准备工作。

4. 提交任务​

使用 Bohrium CLI 提交任务：

bohr job submit -i job.json -p ./

其中：

  • -i 指定任务的配置文件，本案例中是 job.json
  • -p 指定输入文件所在的目录，Bohrium 会将指定的目录打包上传，在计算节点上解压后，将工作目录切换为该目录。本案例中是 ./

如下图所示为任务提交成功：

提交任务

5. 检查任务状态​

成功提交计算任务后，您可以在 Bohrium “任务管理”页查看已提交任务的进度和相关日志：

查看任务状态

6. 下载结果​

任务计算完成后，您可以在 Bohrium “任务管理”页下载计算结果，或将其转存至数据盘：

下载结果

也可以通过 Bohrium CLI 的相关命令进行下载：

bohr job download -j <JOB ID>

或者

bohr job_group download -j <JOB GROUP ID>

至此，我们在 Bohrium 上完成了一次 DeePMD-kit 训练任务的运行。

最后别忘记在工作结束后，在"节点管理"页关机或者删除管理节点，以免造成浪费。

关机节点