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CP2K

本文介绍如何在 Bohrium 上运行 CP2K 任务。

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简介​

CP2K 是运行最快的开源第一性原理材料计算和模拟软件，可研究上千个原子的大体系，广泛用于固体、液体、分子、周期、材料、晶体和生物系统的模拟。它是由马克斯-普朗克研究中心早在 2000 年发起的一项用于固体物理研究的项目，全部代码使用 Fortran 2003 写成。现在它已转由苏黎世联邦理工学院（ ETH Zurich ）和苏黎世大学（ Univ. Zurich ）维护，成为一个开源的项目，遵从 GPL 协议，用户可以从其官方网站下载到源代码。本教程主要介绍如何在 Bohrium 平台上运行 CP2K 计算任务。

如何在 Bohrium 上运行 CP2K 任务​

本案例任务运行约需 1 min 30 s

步骤一，准备输入数据​

首先需要开启管理节点，本案例中镜像选择 ubuntu:20.04-py37。通过 Web Shell 连接管理节点后即可进行输入文件的准备。

以甲烷和personal目录为例，CP2K 的输入文件均已存储至 Bohrium_CP2K_example 文件夹内，使用 cd /personal 命令进入数据盘后，依次执行以下命令来进行输入文件的下载和解压：

wget https://bohrium-example.oss-cn-zhangjiakou.aliyuncs.com/Bohrium_CP2K_example.zip
unzip Bohrium_CP2K_example.zip
cd Bohrium_CP2K_example

步骤二，准备配置文件​

文件夹内已经包含配置文件 job.json，在 Web Shell 中，您可以双击左侧文件树中的 job.json 文件，在线编辑和保存，也可以在命令行窗口中进行编辑：

vi job.json

输入 i 进入编辑模式，完成修改后，按 esc 退出编辑模式后输入 : 进入末行命令符模式，然后输入 wq 保存并退出，配置文件内容如下：

注意： "project_id":后的 0000 需要替换为您自己的项目ID，可在“项目管理”页查看。

{
    "job_name": "CP2K_Si_opt",
    "command": "source /cp2k-7.1/tools/toolchain/install/setup && mpirun -n 16 --allow-run-as-root --oversubscribe cp2k.popt -i input.inp -o output.log",
    "log_file": "output.log",
    "backward_files": ["output.log"],
    "project_id": 0000,
    "platform": "ali",
    "job_type": "container",
    "machine_type": "c16_m32_cpu",
    "image_address": "registry.dp.tech/dptech/cp2k:7.1"
}

步骤三：提交任务​

使用 Bohrium CLI 提交任务：

因此首先需要安装Bohrium CLI

bohr job submit -i job.json -p ./

其中：

  • -i 指定任务的配置文件，本案例中是 job.json
  • -p 指定输入文件所在的目录，Bohrium 会将指定的目录打包上传，在计算节点上解压后，将工作目录切换为该目录。本案例中是 ./

在命令行看到如下输出即表示提交成功。同时可以看到任务的 JOB ID，后续可用此 ID 追踪任务进度。

Submit job succeed. 
JobId:  <JOB ID>
JobGroupId:  <JOB GROUP ID>

查看任务​

您可以在监控任务文档中了解如何在 Bohrium 平台查看任务状态。

下载结果​

您可以在结果下载文档中了解如何在 Bohrium 平台下载任务结果。