DP-GEN
本文介绍如何在 Bohrium 平台运行典型的 DP-GEN 任务。
「Bohrium 帮助文档｜DP-GEN」是 Notebook 版帮助文档，可直接运行，请点击查看。
简介
DP-GEN（ Deep Potential Generator，深度势能生成器），致力于解决以下两个问题：
- 如何对势能面充分采样，有效覆盖训练可靠模型所需的样本空间？
- 如何高效筛选样本，选取训练价值高的构象进行第一性原理计算？
工作流程如下所示：“探索-标记-训练”循环迭代，直至势函数精度达预期要求。
为了方便生成数据以及监测势函数的精度，DP-GEN 还集成了 init_bulk、init_surf、autotest、simplify 等模块。
更多 DP-GEN 介绍请参考 https://github.com/deepmodeling/dpgen
如何在 Bohrium 上运行 DP-GEN 任务
本案例运行完成约需 60 min
步骤一，准备输入数据
首先需要开启管理节点，本案例中镜像选择 dpgen:0.10.6。通过 Web Shell 连接管理节点，执行以下语句确保 DP-GEN 及其依赖已经正确安装：
dpgen -h
若一切正常会打印出 DP-GEN 版本以及依赖的一些库的信息，示例如下：
Version: 0.10.6
Date: Nov-01-2022
Path: /opt/miniconda/lib/python3.7/site-packages/dpgen
Dependency
------------
numpy 1.21.6 /opt/miniconda/lib/python3.7/site-packages/numpy
dpdata 0.2.10 /opt/miniconda/lib/python3.7/site-packages/dpdata
pymatgen unknown version or path
monty 2022.9.9 /opt/miniconda/lib/python3.7/site-packages/monty
ase 3.22.1 /opt/miniconda/lib/python3.7/site-packages/ase
paramiko 2.11.0 /opt/miniconda/lib/python3.7/site-packages/paramiko
custodian 2022.5.26 /opt/miniconda/lib/python3.7/site-packages/custodian
Reference
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Please cite:
Yuzhi Zhang, Haidi Wang, Weijie Chen, Jinzhe Zeng, Linfeng Zhang, Han Wang, and Weinan E,
DP-GEN: A concurrent learning platform for the generation of reliable deep learning
based potential energy models, Computer Physics Communications, 2020, 107206.
------------
Description
------------
usage: dpgen [-h]
{init_surf,init_bulk,auto_gen_param,init_reaction,run,run/report,collect,simplify,autotest,db}
...
dpgen is a convenient script that uses DeepGenerator to prepare initial data,
drive DeepMDkit and analyze results. This script works based on several sub-
commands with their own options. To see the options for the sub-commands, type
"dpgen sub-command -h".
positional arguments:
{init_surf,init_bulk,auto_gen_param,init_reaction,run,run/report,collect,simplify,autotest,db}
init_surf Generating initial data for surface systems.
init_bulk Generating initial data for bulk systems.
auto_gen_param auto gen param.json
init_reaction Generating initial data for reactive systems.
run Main process of Deep Potential Generator.
run/report Report the systems and the thermodynamic conditions of
the labeled frames.
collect Collect data.
simplify Simplify data.
autotest Auto-test for Deep Potential.
db Collecting data from DP-GEN.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
确认无误后便可进行输入文件的准备。以甲烷为例，DP-GEN 的输入文件均已存储至 Bohrium_DP-GEN_run_example 文件夹内，使用 cd /data 命令进入数据盘后，依次执行以下命令来进行输入文件的下载和解压：
wget https://bohrium-example.oss-cn-zhangjiakou.aliyuncs.com/Bohrium_DP-GEN_run_example.zip
unzip Bohrium_DP-GEN_run_example.zip
cd Bohrium_DP-GEN_run_example
使用 tree . -L 2 命令可以查看输入文件，主要包含以下的内容：
.
|-- CH4.POSCAR
|-- CH4.POSCAR.01x01x01
| |-- 00.place_ele
| |-- 01.scale_pert
| |-- 02.md
| `-- param.json
|-- INCAR_methane
|-- INCAR_methane.md
|-- INCAR_methane.rlx
|-- POTCAR_C
|-- POTCAR_H
|-- init.json
|-- machine.json
`-- run_param.json
DP-GEN 运行需要的文件说明： 文件/文件夹名称|说明 :-:|-| CH4.POSCAR.01x01x01文件夹|VASP结构文件 machine.json|机器配置文件；包括计算资源、日志等 INCAR_methane|VASP计算参数文件；单点能，本教程run过程采用 POTCAR_C、POTCAR_H|VASP赝势文件；根据体系元素种类设置 run_param.json|计算参数文件
步骤二，准备配置文件
文件夹内已经包含配置文件 machine.json，在 文件管理 页面，您可以双击左侧文件树中的 machine.json 文件，在线编辑和保存，也可以在命令行窗口中进行编辑：
vi machine.json
输入 i 进入编辑模式，完成修改后，按 esc 退出编辑模式后输入 : 进入末行命令符模式，然后输入 wq 保存并退出，配置文件内容如下：
注意：
"project_id":后的0000需要替换为您自己的项目ID，可在“项目管理”页查看，共三处位置需要替换。emails和password需要填入自己的 Bohrium 账户邮箱和密码，共三处位置需要修改。根据需要调整
image_address处填入的镜像地址，在本次示例中训练部分使用registry.dp.tech/dptech/deepmd-kit:2.1.5-cuda11.6，探索部分使用registry.dp.tech/dptech/deepmd-kit:2.1.5-cuda11.6，标记部分使用 VASP 镜像（如需使用 VASP 镜像，请提供您的 VASP 授权凭证至 bohrium@dp.tech 邮箱）。
{
"api_version": "1.0",
"deepmd_version": "2.1.5",
"train" :[
{
"command": "dp",
"machine": {
"batch_type": "Bohrium",
"context_type": "BohriumContext",
"local_root" : "./",
"remote_profile":{
"email": "",
"password": "",
"program_id": 0000,
"keep_backup":true,
"input_data":{
"log_file": "00*/train.log",
"grouped":true,
"job_name": "dpgen_train_job",
"disk_size": 100,
"scass_type":"c8_m32_1 * NVIDIA V100",
"checkpoint_files":["00*/checkpoint","00*/model.ckpt*"],
"checkpoint_time":30,
"platform": "ali",
"job_type": "container",
"image_address":"registry.dp.tech/dptech/deepmd-kit:2.1.5-cuda11.6",
"on_demand":0
}
}
},
"resources": {
"number_node": 1,
"cpu_per_node": 8,
"gpu_per_node": 1,
"queue_name": "V100_8_32",
"group_size": 1,
"custom_flags": [],
"strategy": {"if_cuda_multi_devices": true},
"para_deg": 3,
"source_list": []
}
}],
"model_devi":[
{
"command": "lmp -i input.lammps -v restart 0",
"machine": {
"batch_type": "Bohrium",
"context_type": "BohriumContext",
"local_root" : "./",
"remote_profile":{
"email": "",
"password": "",
"program_id":0000,
"keep_backup":true,
"input_data":{
"log_file": "*/model_devi.log",
"grouped":true,
"job_name": "dpgen_model_devi_job",
"disk_size": 200,
"scass_type":"c8_m32_1 * NVIDIA V100",
"platform": "ali",
"job_type": "container",
"image_address":"registry.dp.tech/dptech/deepmd-kit:2.1.5-cuda11.6",
"on_demand":0
}
}
},
"resources": {
"number_node": 1,
"cpu_per_node": 8,
"gpu_per_node": 1,
"queue_name": "V100_8_32",
"group_size": 250,
"source_list": []
}
}],
"fp":[
{
"command": "ulimit -s unlimited; mpirun -np 32 vasp_std",
"machine": {
"batch_type": "Bohrium",
"context_type": "BohriumContext",
"local_root" : "./",
"remote_profile":{
"email": "",
"password": "",
"program_id":0000,
"input_data":{
"api_version":2,
"log_file": "task*/fp.log",
"grouped":true,
"job_name": "dpgen_fp_job",
"disk_size": 100,
"scass_type":"c32_m64_cpu",
"platform": "ali",
"job_type":"container",
"image_address":"您需提供授权凭证到 bohrium@dp.tech 邮箱获取 VASP 镜像",
"on_demand":0
}
}
},
"resources": {
"number_node": 4,
"cpu_per_node": 8,
"gpu_per_node": 0,
"queue_name": "CPU",
"group_size": 10,
"source_list": ["/opt/intel/oneapi/setvars.sh"]
}
}]
}
步骤三：提交任务
nohup dpgen run run_param.json machine.json 1>log 2>err&
注意：DP-GEN 进程需要等待任务完成后进行后续轮次任务的提交，因此请不要关闭管理节点。
查看任务
您可以在监控任务文档中了解如何在 Bohrium 平台查看任务状态。
下载结果
您可以在结果下载文档中了解如何在 Bohrium 平台下载任务结果。
更多 DP-GEN 参数介绍
如果您想在 model_devi 步骤使用自定义的 input.lammps 模板，以实现 plumed 等功能，可参考文档 DP-GEN model_devi步骤 LAMMPS自定义模板
更多DP-GEN参数的详细设定可以参考 DP-GEN源码仓库 与 DP-GEN官方文档