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GROMACS

本文主要介绍如何利用 Bohrium 平台运行 GROMACS 任务。

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「Bohrium 帮助文档｜GROMACS」是 Notebook 版帮助文档，可直接运行，请点击查看。

简介​

GROMACS 是一款开源免费的分子动力学模拟软件，遵守 LGPL v2.1 协议，常被用于生物与有机分子体系（如蛋白、磷脂、核酸等）的模拟。GROMACS 的代码全部由 C/C++ 编写，并且针对 GPU 做了高性能优化，拥有非常可观的计算速度。有关 GROMACS 更详细的介绍可参考其官方网站或文档。初学者也可参考此教程快速入门 GROMACS 的使用。

如何在 Bohrium 上运行 GROMACS 任务​

本案例任务运行约需 1 min 30 s

步骤一，准备输入数据​

首先需要开启管理节点，本案例中镜像选择 ubuntu:20.04-py37。通过 Web Shell 连接管理节点后即可进行输入文件的准备。

GROMACS 的输入文件（包含坐标文件 conf.gro ，模拟参数文件 prod.mdp ，拓扑文件 topol.top ，运行脚本 rungmx.sh 和 bohr 配置文件 job.json ）均已存储至 Bohrium_GROMACS_example 文件夹内，使用 cd /perosnal 命令进入数据盘后，依次执行以下命令来进行输入文件的下载和解压：

wget https://bohrium-example.oss-cn-zhangjiakou.aliyuncs.com/Bohrium_GROMACS_example.zip
unzip Bohrium_GROMACS_example.zip
cd Bohrium_GROMACS_example

步骤二，准备配置文件​

文件夹内已经包含配置文件 job.json，在 文件管理 页面，您可以双击左侧文件树中的 job.json 文件，在线编辑和保存，也可以在命令行窗口中进行编辑：

vi job.json

输入 i 进入编辑模式，完成修改后，按 esc 退出编辑模式后输入 : 进入末行命令符模式，然后输入 wq 保存并退出，配置文件内容如下：

注意： "project_id":后的 0000 需要替换为您自己的项目ID，可在“项目管理”页查看。

{
    "job_name": "bohrium-gmx-example",
    "command": "bash rungmx.sh > log",
    "log_file": "log",
    "backward_files": [],
    "project_id": 0000,
    "image_address": "registry.dp.tech/dptech/gromacs:2022.2",
    "machine_type": "c16_m62_1 * NVIDIA T4",
    "platform": "ali",
    "job_type": "container"
}

步骤三：提交任务​

使用 Bohrium CLI 提交任务：

因此首先需要安装Bohrium CLI

bohr job submit -i job.json -p ./

其中：

  • -i 指定任务的配置文件，本案例中是 job.json
  • -p 指定输入文件所在的目录，Bohrium 会将指定的目录打包上传，在计算节点上解压后，将工作目录切换为该目录。本案例中是 ./

在命令行看到如下输出即表示提交成功。同时可以看到任务的 JOB ID，后续可用此 ID 追踪任务进度。

Submit job succeed. 
JobId:  <JOB ID>
JobGroupId:  <JOB GROUP ID>

查看任务​

您可以在监控任务文档中了解如何在 Bohrium 平台查看任务状态。

下载结果​

您可以在结果下载文档中了解如何在 Bohrium 平台下载任务结果。