跳到主要内容

Bohrium 镜像中心

本文介绍 Bohrium 镜像的使用及官方镜像所包含的软件内容。

什么是镜像​

镜像是一种文件储存形式，其内包含应用程序运行所需的基础环境等信息。Bohrium 根据用户需求制作了适用于不同开发场景、计算任务的镜像，以满足用户在数据准备、编译调试、任务计算等场景下的即开即用。

如何使用镜像​

我想提交计算任务​

您可在使用 Bohrium CLI 提交任务时，在配置文件 job.json 的 image_address 字段处填入所需软件所对应的容器镜像地址（下图红框所示）来进行相应的任务计算，镜像地址可在镜像中心内查看。

若我们提供的软件无法满足您的需求，您可参考如何制作自定义镜像，进行自定义软件的安装或者联系企业微信 17710231129 获取帮助。

镜像地址

注意：自 2023 年 1 月 1 日起，Bohrium 不再支持使用虚拟机镜像提交虚拟机任务，为保证您的任务可成功提交，请您在提交任务时填写容器镜像并在 job.json 内配置 job_type 字段为 "container" 。

我想进行软件开发/调试​

Bohrium 支持开启容器节点，相比于传统的虚拟化技术，容器省去了操作系统的虚拟化，直接在宿主机（Host）的操作系统上封装了应用或服务所需要的环境和依赖，只需数秒即可启动一个新的容器实例，而传统的虚拟化技术需要数分钟。

因此我们推荐您开启容器节点来进行软件的开发、调试、debug 等，您可在开启容器管理节点时，选择对应的容器镜像，如下图所示。您可在镜像中心内查看官方提供的容器镜像和虚拟机镜像。

图片

  • 如您想要一个预置了基础环境的空白机，推荐您根据需要的资源类型、是否运行 mpi 等需求，使用以下容器镜像：
资源类型容器镜像地址
CPUregistry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10
registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022
GPUregistry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-cuda11.6
registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022-cuda11.6

  • 如您想要对 Bohrium 已有科学计算软件进行自定义或运行 DPGEN 任务，则可根据镜像名称，使用对应的容器镜像开启管理节点。

  • 由于容器节点本身已经是 docker 环境，暂时不支持在其上再创建 docker 环境。如果您有进行 docker 开发的需求，例如需要自己构建 docker 镜像，或者需要拉取 docker hub 上别人的镜像，请您使用虚拟机镜像 LBG_Common_v2 开启虚拟机管理节点进行开发。

Bohrium 提供的镜像​

用于提交计算任务​

下方列出了 Bohrium 已预置的科学计算软件中的一部分，更多软件请至镜像中心内查看：

  • DeePMD-kit
  • DPGEN
  • VASP：需获得VASP授权，请通过微信发送您的 VASP 授权凭证至企业微信 17710231129。
  • LAMMPS
  • GROMACS
  • Quantum-Espresso
  • ...

用于进行软件开发​

在 Bohrium上 进行软件开发、编译、调试等对灵活度有更高要求的工作，可在启动管理节点时，使用基础公共容器镜像，其中已打包了开发常用软件：

任务类型容器镜像地址
CPUregistry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10
registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022
GPUregistry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-cuda11.6
registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022-cuda11.6

Bohrium 官方提供的全部镜像内均已预置以下软件：

软件分类预置软件
Python 相关python3.10
pip
Anaconda
Jupyter Lab：强大的 Notebook 工具
文件管理wget，curl：文件下载工具
unzip：文件解压工具
emacs，vim：文件编辑工具
rsync：文件同步工具
tree：查看目录结构工具
git：版本管理工具
编译工具cmake
build-essential：gnu编译工具
系统监控htop：监控工具
ncdu：用于查看目录大小
net-tools：网络工具
DP系列Lebesgue Utility：Bohrium 开发的用于资源管理、任务管理、项目监控等功能的命令行交互工具
Dp-Dispatcher：声明高性能计算作业、计算环境和计算资源，自动完成作业生成、提交、轮询和回收的全流程
Dpdata：科学计算格式转换工具

部分镜像内单独预置了某些软件，如 Intel-oneapi、Pytorch、TensorFlow等，会体现在镜像地址内，您可根据实际需求进行选择。例如：registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022 内即预置了 Intel-oneapi。

如何制作自定义镜像​

若我们当前提供的公共容器镜像无法满足您的需求，您可进行自定义容器镜像的制作，或联系企业微信 17710231129 获取帮助。

如何将镜像拉取到本地docker​

目前支持通过 docker cli 拉取 Bohrium 的公共镜像和本人的自定义镜像（别人分享的不支持）

访问地址​

registry.bohrium.dp.tech (Bohrium 镜像菜单处直接复制的registry.dp.tech域名是不支持的，请手动替换！)

使用方式​

  1. Docker login：使用 bohrium 的登录账号和密码 登录
docker login registry.bohrium.dp.tech
Username: xxx@dp.tech
Password:
Login Succeeded
  1. Docker pull: 拉取bohrium 公共镜像
docker pull registry.bohrium.dp.tech/dptech/ubuntu:22.04-py3.10-intel2022

image pull

  1. 暂不支持 push 操作