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Bohrium 镜像中心

本文介绍 Bohrium 镜像的使用及官方镜像所包含的软件内容。

什么是镜像

镜像是一种文件储存形式,其内包含应用程序运行所需的基础环境等信息。Bohrium 根据用户需求制作了适用于不同开发场景、计算任务的镜像,以满足用户在数据准备、编译调试、任务计算等场景下的即开即用。

如何使用镜像

我想提交计算任务

您可在使用 Bohrium CLI 提交任务时,在配置文件 job.jsonimage_address 字段处填入所需软件所对应的容器镜像地址(下图红框所示)来进行相应的任务计算,镜像地址可在镜像中心内查看。

若我们提供的软件无法满足您的需求,您可参考如何制作自定义镜像,进行自定义软件的安装或者联系 bohrium@dp.tech 获取帮助。

镜像地址

注意:自 2023 年 1 月 1 日起,Bohrium 不再支持使用虚拟机镜像提交虚拟机任务,为保证您的任务可成功提交,请您在提交任务时填写容器镜像并在 job.json 内配置 job_type 字段为 "container" 。

我想进行软件开发/调试

Bohrium 支持开启容器节点,相比于传统的虚拟化技术,容器省去了操作系统的虚拟化,直接在宿主机(Host)的操作系统上封装了应用或服务所需要的环境和依赖,只需数秒即可启动一个新的容器实例,而传统的虚拟化技术需要数分钟。

因此我们推荐您开启容器节点来进行软件的开发、调试、debug 等,您可在开启容器管理节点时,选择对应的容器镜像,如下图所示。您可在镜像中心内查看官方提供的容器镜像和虚拟机镜像。

图片

  • 如您想要一个预置了基础环境的空白机,推荐您根据需要的资源类型、是否运行 mpi 等需求,使用以下容器镜像:
资源类型容器镜像地址
CPUregistry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10
registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022
GPUregistry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-cuda11.6
registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022-cuda11.6
  • 如您想要对 Bohrium 已有科学计算软件进行自定义或运行 DPGEN 任务,则可根据镜像名称,使用对应的容器镜像开启管理节点。

  • 由于容器节点本身已经是 docker 环境,暂时不支持在其上再创建 docker 环境。如果您有进行 docker 开发的需求,例如需要自己构建 docker 镜像,或者需要拉取 docker hub 上别人的镜像,请您使用虚拟机镜像 LBG_Common_v2 开启虚拟机管理节点进行开发。

Bohrium 提供的镜像

用于提交计算任务

下方列出了 Bohrium 已预置的科学计算软件中的一部分,更多软件请至镜像中心内查看:

  • DeePMD-kit
  • DPGEN
  • VASP:需获得VASP授权,请邮件发送您的VASP授权凭证到 bohrium@dp.tech 邮箱
  • LAMMPS
  • GROMACS
  • Quantum-Espresso
  • ...

用于进行软件开发

在 Bohrium上 进行软件开发、编译、调试等对灵活度有更高要求的工作,可在启动管理节点时,使用基础公共容器镜像,其中已打包了开发常用软件:

任务类型容器镜像地址
CPUregistry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10
registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022
GPUregistry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-cuda11.6
registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022-cuda11.6

Bohrium 官方提供的全部镜像内均已预置以下软件

软件分类预置软件
Python 相关python3.10
pip
Anaconda
Jupyter Lab:强大的 Notebook 工具
文件管理wget,curl:文件下载工具
unzip:文件解压工具
emacs,vim:文件编辑工具
rsync:文件同步工具
tree:查看目录结构工具
git:版本管理工具
编译工具cmake
build-essential:gnu编译工具
系统监控htop:监控工具
ncdu:用于查看目录大小
net-tools:网络工具
DP系列Lebesgue Utility:Bohrium 开发的用于资源管理、任务管理、项目监控等功能的命令行交互工具
Dp-Dispatcher:声明高性能计算作业、计算环境和计算资源,自动完成作业生成、提交、轮询和回收的全流程
Dpdata:科学计算格式转换工具

部分镜像内单独预置了某些软件,如 Intel-oneapi、Pytorch、TensorFlow等,会体现在镜像地址内,您可根据实际需求进行选择。例如:registry.dp.tech/dptech/ubuntu:20.04-py3.10-intel2022 内即预置了 Intel-oneapi。

如何制作自定义镜像

若我们当前提供的公共容器镜像无法满足您的需求,您可进行自定义容器镜像的制作,或联系 bohrium@dp.tech 获取帮助。

如何将镜像拉取到本地docker

目前支持通过 docker cli 拉取 Bohrium 的公共镜像和本人的自定义镜像(别人分享的不支持)

访问地址

registry.bohrium.dp.tech (Bohrium 镜像菜单处直接复制的registry.dp.tech域名是不支持的,请手动替换!)

使用方式

  1. Docker login:使用 bohrium 的登录账号和密码 登录
docker login registry.bohrium.dp.tech
Username: xxx@dp.tech
Password:
Login Succeeded
  1. Docker pull: 拉取bohrium 公共镜像
docker pull registry.bohrium.dp.tech/dptech/ubuntu:22.04-py3.10-intel2022

image pull

  1. 暂不支持 push 操作